در کشت گلخانه ای آبیاری نامنظم گوجه فرنگی بیش از هر عامل دیگری باعث مشکل می شود. خشک شدن خاک گوجه فرنگی و سپس غرقاب کردن آنها با آب باعث می شود که میوه به طور معمولی متورم شود و پوست گوجه فرنگی ترک بخورد و باعث رشد قارچ ها شود و کاملاً از بین برود.
خشکی کشیدن خاک ،ترکیب کلسیم داخلی گیاه را تغییر می دهد و این باعث پوسیدگی انتهای گلگاه می شود، جایی که پایه یا انتهای گل گوجه فرنگی یک لکه قهوه ای ایجاد می کند. آبیاری ضعیف نیز به ریزش شکوفه ها کمک می کند، اینجاست که گل ها می ریزند و هیچ میوه ای به وجود نمی آید.خیس نگه داشتن کمپوست می تواند به همان اندازه بد باشد، می تواند باعث پوسیدگی ریشه ها شود و به رشد پوسیدگی در پایه ساقه کمک کند.آب بیش از حد ممکن است باعث غرقابی شدن شود و با کاهش اکسیژن باعث از بین رفتن ریشه ها شود.
پرورش دهنده باتجربه باید نسبت مقدار آبی که باید به گوجه فرنگی بدهد را بداند ،میزان آب بسته به اینکه گیاه چقدر توسعه یافته و بزرگ است، متفاوت است، هر چه سطح برگ بیشتر باشد،میزان آب بیشتری نیاز دارد.میزان تعرق گوجه فرنگی به وضوح تحت تأثیر آب و هوا است. در یک روز گرم و آفتابی آب بیشتری از دست می رود اما در یک روز سرد و ابری نه. میزان تعرق گوجه فرنگی نیز متفاوت است.
میزان آبیاری به لیتر در روز بر اساس شرایط آبیاری می تواند متفاوت باشد :
در بیشتر ساعات روز ابری 0.14 -0.28 ، نسبتا ابری تا ابری در بیشتر روز 0.28 -0.42
نسبتاً آفتابی، ابری با دوره های روشن 0.71 - 0.85
آفتابی، فقط گاهی اوقات ابر 1.10 -1.20 ،
بسیار آفتابی، آسمان آبی روشن در تمام طول روز. 1.50 -1.80
اگر از کیسه های رشد استفاده می کنید، انگشت خود را در کمپوست تنها راه برای اطمینان از وجود آب کافی قرار دهید سپس آبیاری انجام شود.